A magyar vegyiparnak az ötvenes évekközepétől az ipari átlagnál is gyorsabb ütemű fejlesztése a régi és rossz hatásfokúüzemek szanálását tette szükségessé. Ez azzal a veszéllyel járt, hogy az újés korszerű vegyipari létesítmények építésével egyidejűleg a korábbi hazai vegyipar műszaki és tárgyi emlékei sorramegsemmisülnek. Ez adott indítékot arra, hogy az 1960-as évek elején a Nehézipari Minisztérium elhatározta a Magyar Vegyészeti Múzeum alapítását, és annak megszervezésével, majd kezelésével a Nehézvegyipari Kutató Intézetet (NEVIKI) bízta meg. Elhelyezéséhez az eredeti elképzelés szerinti, a vegyipar vagy a kémiatudomány szempontjából kiemelkedő jelentőségű műszaki emléket nem találtak. Ekkor merült fel a helyreállítás kezdeti stádiumában levő Thury-vár mint helyszín, amely Várpalotán, az akkori hazai vegyipar egyik legnagyobb vidéki centrumában (pétfürdői, peremartoni, inotai, balatonfűzfői üzemek, veszprémi kutatóhelyek, oktatási intézmények) feküdt. A település kedvező fekvése mellett gazdasági megfontolások is szerepet játszottak, mert így a várépület hasznosításának kérdése is megoldódott, hiszen egy költségráfordítással épülhetett újjá az értékes műemlék, ugyanakkor otthonra lelt a múzeum is (a tervezett más kulturális intézményekkel, funkciókkal együtt)
A Vegyészeti Múzeum szervezése 1961-ben kezdődött meg, és előzetes működési engedélyét – országos gyűjtőkörrel – már 1963-ban megadta a Művelődési Minisztérium. Néhány évi szervezőmunka után a múzeum 1969-ben birtokba vette a várépület addigra ideiglenesen helyreállított néhány helyiségét, ami a gyűjtés és a feldolgozás szervezett megindítását, a könyvtár elhelyezését, a tárgyi anyag raktározását és a rendszeres kiállítási tevékenység megkezdését tette lehetővé.
A múzeum elhelyezésére szolgáló mintegy 1500 m2 alapterületű épületrész belső helyreállítása a negyedszázados évfordulóra szinte teljesen befejeződött. A múzeumban folyó szakmai tevékenység a további évtizedekben is mindig szorosan összefonódott az épület műemléki helyreállításának szakaszai által nyújtott működési körülményekkel. Az ipari miniszter a 112/1982. Ip. M.sz. utasításával a Magyar Vegyészeti Múzeumot jelölte ki bázismúzeumként a vegyipari műszaki emlékek gyűjtésének koordinálására, amely mind Magyarországnak, mind a közép-európai térségnek egyetlen, csak a vegyészettel foglalkozó múzeuma. A fenntartás és a működtetés költségeit tekintve alapításától 1989-ig a Nehézvegyipari Kutató Intézet osztályaként működött, és működési költségeit nagyrészt a Nehézipari Minisztérium (Ipari Minisztérium) fedezte. 1989-től egy ideig a NEVIKI leányvállalataként működött tovább, majd 1991. január 1-jétől alapítványi formában folytatta tevékenységét. Alapítói a Magyar Vegyipari Szövetség, a Magyarországi Gyógyszergyártók Országos Szövetsége, a Magyar Vegyipari, Energiaipari és Rokon Szakmákban Dolgozók Szakszervezeti Szövetsége és a NEVIKI voltak. A Veszprém Megyei Bíróság 1998. november 17-én az alapítványi múzeumot kiemelkedően közhasznú szervezetté nyilvánította. Működési költségeit az alapítványi törzstőke kamatai, pályázati bevételek és a vegyipari vállalatok támogatásai biztosították.
2007-től komoly változások történtek az alapítványi keretek között működő múzeum életében, amely 2007. augusztus 1-jétől az Országos Műszaki Múzeum filiáléja lett. Az Országos Műszaki Múzeum és a Közlekedési Múzeum egyesülésével létrejövő Magyar Műszaki és Közlekedési Múzeum pedig 2009.január 1-jétől lett a Vegyészeti Múzeum fenntartója. Az eredetileg a múzeum fenntartására létrehozott alapítvány továbbra is megmaradt, most már nem fenntartóként, hanem a szakmai munkatámogatására. A múzeum feladata, hogy a vegyipar és a kémiatudomány hazai emlékeit összegyűjtse, azok megőrzését biztosítsa, és az utókor számára hozzáférhetővé tegye. Így a gyűjtés körébe tartoznak az üzemek múltjával, az alapítással, a telepengedélyezéssel, üzembe helyezéssel, a termeléssel kapcsolatos iratok, tervek, térképek, műszaki rajzok, részvények,labor- és műszaknaplók, fényképek, vállalati jelvények, bélyegzők, stb. A gyűjtés természetesen kiterjed a használatból kivont és technikatörténeti szempontból értékesebb eszközökre, gépekre, laboratóriumi felszerelésekre, modellekre, „első termék” mintákra is. A múzeum gyűjteményei az évtizedek során folyamatosan gyarapodtak. A tárgyi gyűjtemény jelenleg több mint 11.000 db-ból, az általános ipartörténeti dokumentációs gyűjtemény 47.000 dokumentumból, a könyvtár több mint 19.000 kötetből áll. A múzeumnak fennállása ötven éve alatt 12 állandó kiállítása volt látogatható, időszaki kiállításaiban megemlékezett a kémia-, vegyipar- és gyógyszeripar kiemelkedő eseményeiről, jeles évfordulóiról. Legnevesebb kémikusaink arcképeit a „Híres vegyészek arcképcsarnoka” című kiállításában helyezte el. A Vegyészeti Múzeum a 2001. évtől kezdődően pedagógiai tevékenysége részeként tizenkét alkalommal szervezett nyári diáktábort a tanuló ifjúság számára „Alkimista tábor” címmel. A Szindbád Nonprofit Kft. 2010. július 12-e és 2011. június 24-e között – európai uniós pályázaton elnyert támogatással – jelentős rekonstrukciót végzett a várépületen. Ez idő alatt a múzeum zárva tartott. Újranyitására 2013. május 10-én került sor, és ekkortól láthatják az érdeklődők a Thury-vár második emeletén a múzeum megújult, interaktív állandó kiállítását.
Összeállította: Volekné Temesi Zsuzsanna